前言：安捷倫科技公司是代謝組學解決方案領域名符其實的領dao者。代謝組學是對代謝物，即參與細胞內生物學過程中的有機小分子進行鑒定和定量的技術。這些分子是生物學功能的重要指標，通過研究這些分子，可以獲得有關細胞生理學、代謝及毒性的*見解。由于不同種類的代謝組學實驗需要不同的技術方法，因而安捷倫提供了幾種不同的工作流程解決方案。這些工作流程采用液相色譜/質譜 (LC/MS)、氣相色譜/質譜 (GC/MS)以及核磁共振 (NMR) 儀器采集數據，利用代謝組學化合物數據庫進行化合物鑒定，并用軟件進行數據分析和生物學解析。

本文將對這些代謝組學工作流程的各個部分進行概述（圖 1）。同時還討論了在選擇各種方法時需要考慮的問題。例如，實驗的多個技術因素如靈敏度要求、樣品復雜性、樣品前處理，以及目標代謝物的化學性質等都會影響到最終的技術決策。這些因素以及其它一些因素都會在后面的章節(jié)中一一進行詳細闡述。靶向代謝組學和發(fā)現代謝組學的比較代謝組學實驗包括發(fā)現和靶向方法。發(fā)現代謝組學是指對非靶向性的一系列代謝物的研究，在一組重復性的實驗樣本中尋找與對照組相比豐度具有顯著性統(tǒng)計差異的代謝物，并且確定其化學結構。相比之下，靶向代謝組學是指對預先經過鑒定的代謝物的豐度進行精確檢測，如針對大量樣品的驗證性研究。靶向實驗可以高度定量化，通常需要使用分析標樣。

基于質譜的代謝組學質譜 (MS) 方法因其較寬的動態(tài)范圍、高靈敏度、高重現性以及分析復雜生物體液的能力，已被廣泛用于代謝組學研究。為了解決樣品復雜性問題，通常將分離手段（氣相色譜、液相色譜或毛細管電泳）與質譜分析進行串聯(lián)，以檢測到盡可能多的代謝物。質譜信息和分離實驗的保留時間（或遷移時間）中所包含的化學信息都將被用于跟蹤和鑒定分析中的代謝物。這一點是非常必要的，因為單靠質譜本身通常不能區(qū)分同重異位的代謝物，而色譜卻能分離與鑒定異構體。氣相分離方法比液相分離方法更適合于非極性化合物，但它們對其它多種化合物卻能夠實現同等優(yōu)秀的分離性能。

質譜代謝組學的方位資源為支持發(fā)現和靶向質譜代謝組學，安捷倫提供了一系列可適用于特定應用的 GC/MS和 LC/MS 儀器，包括飛行時間 (TOF)、四極桿飛行時間 (Q-TOF) 和三重四極桿(QQQ) 質譜儀（圖 2）。安捷倫系統(tǒng)具有*設計，即使在高豐度代謝物存在的情況下也能夠檢測出低豐度目標物，同時實現最佳的重現性。Agilent Q-TOF 儀器（與LC 或 GC 聯(lián)用時）之所以能夠做到這一點，其中的關鍵性設計是采用了雙增益信號處理，使得儀器的有效線性動態(tài)范圍達到了 5 個數量級。1除了全系列的高性能 GC/MS 和 LC/MS儀器之外，安捷倫還開發(fā)出必要的軟件工具用于分析、鑒定和解析代謝組學實驗所產生的大量數據。每臺儀器都采用相同的數據分析軟件，為需要多種質譜配置的實驗提供一致的用戶體驗。安捷倫還開發(fā)出專門針對代謝組學的化合物鑒定數據庫和譜庫，用于評價 GC/MS 和 LC/MS 數據。2 采用 Agilent GeneSpring 軟件中的Mass Profiler Professional (MPP) 模塊對處理后的數據進行分析，該模塊是一個統(tǒng)計學分析和數據可視化工具，能夠讓研究人員從數據中快速發(fā)現并提取有用的結果。我們將會在本文的后面部分詳細描述MPP 的使用。

代謝物數據庫安捷倫與開發(fā)新一代代謝組學技術和工具的杰出的代謝組學研究人員合作，將他們的研究進展囊括到穩(wěn)定的解決方案中，以增強并簡化代謝組學研究。作為充分印證這一理念的關鍵示例，安捷倫努力創(chuàng)建了專業(yè)數據庫和譜庫，用于通過質譜進行化合物鑒定，以提高化合物鑒定的準確度。特別是，我們已經與 Oliver Fiehn 博士緊密合作，開發(fā)出包含大約 700 個常見代謝物2 的可搜索 GC/MS 電噴霧電離 (EI) 譜圖和保留時間指數數據庫。對于 LC/MS研究，我們已經與 Gary Siuzdak 博士共同開發(fā)出 METLIN 個人化合物數據庫與譜庫(PCDL)，其中包含超過 25000 種化合物（包括 8000 種脂類），以及 2200 種化合物的譜圖和大約 700 種標樣的保留時間。3如需了解更多安捷倫數據庫資源的信息，請參閱“代謝組學數據庫資源：概述”。

結論本文概述了安捷倫用于各種代謝組學工作流程的一系列儀器、數據庫和軟件工具。包括復雜性、樣品量、真實性和化學特性（如極性）等的樣品特性，是幫助確定研究所需最佳工作流程的重要因素。另外，經常會遇到需要組合采用多種方法的情形，例如需要同時采用發(fā)現和靶向代謝組學方法時，或者采用一種技術無法表征目標化合物的化學多樣性時。對于所有這些情形，Agilent GeneSpring/MPP 軟件套裝能夠將各種生物學數據結合在一起，包括來自轉錄組學、蛋白質組學或基因組學實驗的數據，并從生物學角度對其進行分析。這些分析既能夠產生新的生物學觀點，又能夠為可能獲得豐富成果的后續(xù)實驗提供指導。